В статье авторами рассматривается проблема формирования инновационной профессиональной компетентности студента в условиях реализации индивидуальной образовательной траектории в образовательной организации высшего образования. Актуальность исследования определена трансформацией условий функционирования высшей школы в обществе знаний, увеличением потребности работодателей в выпускниках, обладающих совокупностью необходимых убеждений, знаний, умений и навыков для разработки и внедрения новшеств с учетом существующих особенностей и изменяющихся тенденций профессиональной среды. Основными методами исследования являются анализ и синтез научной информации, результатов исследований в областях трансформации образовательных организаций высшего образования и индивидуализации процесса обучения; обобщение и систематизация научных фактов и положений. В результате исследований авторами раскрыто понятие и предложена структура инновационной профессиональной компетентности студента в условиях реализации индивидуальной образовательной траектории, интегрирующая ценностно-мотивационный, инструментально-технологический, исследовательский, креативно-рефлексивный, интерактивно-коммуникационный и академическо-предпринимательский компоненты. Выделенные авторами показатели в структуре компетентности позволят оценить сформированность каждого из компонентов для их дальнейшего развития у обучающихся.