Предлагаемая статья посвящена детальному исследованию взаимодействия между инновационными системами и инновационными процессами. Исследовано применение модели регионально-национальной инновационной системы (РИС), и выявлено, что оно является целенаправленной стратегией, направленной на ускорение экономического роста посредством внедрения научных разработок в производственный цикл. Обоснована важность включения дистинктивных региональных характеристик в аналитические модели для более адекватного представления реальных инновационных и конкурентных возможностей рассматриваемых регионов. Подчеркнута необходимость в модификации методологий для анализа региональных инновационных систем (РИС), адаптированных к специфике местного развития и внешней интеграции. Установлено, что адекватной оценке инновационных капацитетов и позиций регионов в глобальном экономическом пространстве препятствует наличие дивергенции в классификационных стандартах. Показана необходимость включения в классификацию нового типа РИС, который адекватно отражает начальные этапы развития систем в контексте уникальных российских региональных особенностей. Получен анализ динамики взаимодействия ключевых субъектов в рамках этих систем, способствующий глубокому пониманию механизмов передачи инновационных знаний среди акторов, обеспечивающий инструментарий для управления развитием регионов, выявляющий драйверы их конкурентных преимуществ и акцентирующий внимание на участниках рынка.