В статье анализируется деятельность С.И. Елагина по созданию из собранных архивных материалов научных трудов по истории российского военно-морского флота. Рассматриваются возникшие проблемы при написании учёным монографии по истории Азовского флота, существовавшего в правление Петра I. Приводится изучение исследователем документов по Балтийскому периоду истории русского флота (1702-1725) и создания на их основе сборников материалов. Впервые в исторической науке используются архивные рукописи С.И. Елагина для неизданной монографии по истории Балтийского флота. Изучается вопрос финансирования научной деятельности С.И. Елагина и его помощников по созданию трудов по военно-морской истории из государственной казны и покровительство историку со стороны великого князя Константина Николаевича. Наконец, рассматривается деятельность исследователя, связанная с анализом истории Гвардейского морского экипажа, созданием краткого курса по военно-морской истории для Морского училища и составлением надписей к картинам с военно-морскими сражениями в Императорских резиденциях.