Многие проблемы современной Индонезии, в том числе политические, социальные экономические, прав человека, так или иначе связаны с религией. Вера в Бога фигурирует в преамбуле индонезийской конституции и таким образом обязательна для всех граждан, Индонезия не является секулярным государством. Религиозную окраску обретают проблемы социального неравенства, что порождает исламский радикализм. На местах не всегда соблюдается равноправный статус шести действующих в стране религий, привилегии отдаются Исламу. Центральное правительство реалистично оценивает ситуацию и принимает меры для преодоления этого сложного наследия. Особую опасность представляет радикальный исламизм, поскольку предполагает растворение индонезийского государства в рамках всемирного халифата, что в корне противоречит идеалам национализма.