Данная статья посвящена анализу правового регулирования предоставления природных ресурсов в пользование в Российской Федерации и связанным с данным институтом вопросам регистрации сведений в государственных реестрах, а также некоторых других смежных областях. Целью исследования является рассмотрение изменений в природоресурсном законодательстве, выразившихся в переходе от лицензионного подхода на цивилистические начала в природопользовании, и их отражение в смежном законодательстве, а также в правоприменении. Задачами исследования являются: анализ изменений в правовом регулировании лицензирования пользования недрами, водными объектами, объектами животного мира и лесными ресурсами; выявление проблем, возникающих в правоприменительной практике в связи с изменениями в природоресурсном законодательстве и смежном законодательстве, в частности, в налоговом законодательстве и при ведении ЕГРЮЛ и ЕГРИП. Методологической основой исследования являются общенаучные методы анализа и синтеза, формально-юридический метод, сравнительно-правовой метод. Для исследования были проанализированы общедоступные данные из Единого государственного реестра юридических лиц и сравнительный анализ их с данными из Государственного реестра участков недр, предоставленных в пользование, и лицензий на пользование недрами. В результате исследования выявлены изменения в правовом регулировании пользования различными видами природных ресурсов в последние десятилетия, в частности, замена лицензий на договоры и разрешения в отношении водных объектов, объектов животного мира и лесных ресурсов. Эти изменения повлияли и на принятие соответствующих поправок в законодательство о лицензировании отдельных видов деятельности и ряд других законов. Указанные изменения повлияли на проблемы в правоприменении, связанные с несоответствиями в Налоговом кодексе РФ в части водного налога и ошибками при внесении сведений о лицензиях государственными органами в единый государственный реестр юридических лиц и индивидуальных предпринимателей; установлено, что данные в ЕГРЮЛ и ЕГРИП не соответствуют действующим лицензиям и актуальному нормативному регулированию. Сделан вывод о наличии коллизий и несоответствий в правоприменении в области лицензирования природопользования, требующих устранения.