В статье рассмотрены вопросы формирования и развития инновационных экосистем. В исследовании используются следующие общенаучные методы: системный, аналогий, исторический, сравнительного анализа, синтеза и др. Проведенное нами исследование опирается на следующие теории: систем, развития инновационных систем, региональных инновационных систем, концепцию открытых инноваций. Цель исследования заключается в определении теоретических оснований применения экосистемного подхода к развитию инновационных систем в регионах. В ходе исследования определены базовые предпосылки формирования инновационных экосистем в регионах (ускорение темпов инновационного развития; сложность инновационного процесса и междисциплинарный подход к получению инноваций; применение концепции открытых инноваций; ускорение выхода инноваций на рынок; возможность функциональной взаимодополняемости в ходе сотрудничества; возможность совместного и более эффективного использования ресурсов и инфраструктуры; дифференциация регионов; возможность разделения рисков, связанных с инновационной деятельностью). В работе выявлены подходы к содержанию понятия «инновационная экосистема», которые отражают многоаспектность инновационных экосистем. В статье уточнены свойства инновационных экосистем (сложность, открытость, взаимозависимость и взаимодополняемость элементов, нелинейность, динамичность) и принципы их функционирования (эмерджентность, синергизм, адаптируемость, саморазвитие, устойчивость, самоорганизация, коэволюция). В исследовании выделены механизмы взаимодействий субъектов (кооперация, сотрудничество, конкуренция, регулирование, координация, совместное управление), ведущие к получению синергетического эффекта акторами инновационной экосистемы. Полученные нами результаты систематизируют знания об инновационных экосистемах, формируют теоретическую основу об особенностях их создания и развития в отдельных регионах, что может найти практическое применение при определении инструментов региональной инновационной политики.