Основная цель создания заповедника — сохранение ценнейшего и редкостного по красоте Телецкого озера, его ландшафтов, защита кедровых лесов, спасение находившихся на грани исчезновения важнейших охотничье-промысловых животных, а также постоянное стационарное изучение природы региона в целом.
Алтайский заповедник также обеспечивает сохранение и изучение естественного хода природных процессов и явлений, генетического фонда растительного и животного мира, отдельных видов и сообществ растений и животных, типичных и уникальных экологических систем.