В статье выявлены основные направления рационального использования водных ресурсов в Республики Казахстан, в частности Южно-Казахстанской области. Рациональное водопользование - процесс эффективного использования водных ресурсов, гарантирующий сохранение и охрану водных объектов от негативного и избыточного антропогенного воздействия и при этом обеспечивающий население и отрасли народного хозяйства водными ресурсами надлежащего качества и в том количестве, которое способно гарантировать не только удовлетворение потребностей, но и развитие промышленности, энергетики, водного транспорта и сельского хозяйства теми темпами, которые необходимы для устойчивого социально-экономического развития Республики Казахстан в целом. Наличие достаточно большого количества проблем, присущих водопользованию Казахстана, свидетельствует о том, что процесс водопользования в стране не является рациональным. Проведен анализ основ рационального водопользования; рассмотрены основные экономические инструменты, влияющие на процесс водопользования в Казахстане, сделан обзор структуры управления водными ресурсами в Южно-Казахстанской области. В настоящее время необходимо обеспечить рациональное использование природных ресурсов, их защиту от загрязнения и деградации, а также умело их восстанавливать, умножать и контролировать для блага человеческого общества. Актуальность проблемы управления водопользованием определяется плачевным состоянием отрасли, причем неоднократные попытки решения отдельных проблем никак не изменили ситуацию в целом.