В статье на основе архивных документов, бóльшая часть которых вводится в научный оборот впервые, исследуется деятельность созданного в октябре 1944 года Управления уполномоченного Совета народных комиссаров СССР по делам репатриации советских граждан, объединившего ведомства, имевшие собственные зоны ответственности и вступавшие друг с другом в противоречия: Народный комиссариат внутренних дел, Народный комиссариат государственной безопасности и Главное управление контрразведки «Смерш» Народного комиссариата обороны. Материалы, касающиеся организации репатриации из Финляндии в СССР с 1944 по 1955 год, позволяют раскрыть процессы оперативного межведомственного взаимодействия, разработки соответствующих инструкций, ведомственного согласования в непредвиденных ситуациях. В конечном счете объединенные действия названных структур обеспечили успешную репатриацию не менее чем 100 тыс. советских граждан и военнопленных. В работе выделены аспекты, повлиявшие на ход репатриации, включая создание нормативно-правовой базы для разграничения межведомственных полномочий, выявление преступных элементов среди репатриантов, поиск сбежавших пленных. Постановления Государственного комитета обороны, нормативные документы Народного комиссариата внутренних дел, принятые и утвержденные в военное и послевоенное время, легли в основу процесса репатриации советских граждан, в т. ч. из Финляндии. В ходе исследования установлено, что часть советских граждан принимала участие в боевых действиях на стороне Финляндии в составе 3-го и 6-го батальонов. Некоторые военнопленные занимались контрразведывательной деятельностью, сотрудничали с администрацией лагерей. В статье обосновывается вывод, согласно которому межведомственное взаимодействие способствовало созданию устойчивой системы проверки репатриантов, обеспечению безопасности советских военнопленных и интернированных в период репатриации, распределению репатриантов для решения экономических задач советского государства.